O tempo desempenha um papel fundamental no sequenciamento. Em resumo, os cientistas de sequenciamento querem resultados o mais rápido possível, desde que os resultados permaneçam precisos. Com o sequenciamento de última geração (NGS), a tecnologia de microplacas - das próprias placas aos manipuladores de placas e outros acessórios - afeta muitas etapas do processo. Vamos ver por que essas ferramentas ainda precisam de melhorias, bem como os locais onde a tecnologia de microplacas já aprimora o fluxo de trabalho do NGS.

“A tecnologia de microplacas e a instrumentação que a acompanha aumentaram muito o rendimento das amostras e reduziram o tempo necessário para produzir resultados experimentais em NGS, mas ainda há desafios”, diz Henry Shu, gerente de produto, soluções de automação da Agilent Technologies. No entanto, ele aponta a necessidade de melhorias em muitos recursos, incluindo uniformidade de temperaturas e tempos de reação dentro de cada poço, volumes dispensados ​​e aspirados, volumes mortos necessários e, potencialmente, contaminação cruzada. A uniformidade entre esses recursos, diz ele, “afeta as reações individuais, que são refletidas nos resultados”.

As tecnologias relacionadas às microplacas também podem desacelerar o NGS. Como exemplo, Shu diz: “Os problemas de upstream incluem o processo relativamente lento de transferência de amostras para o formato de microplaca”. Nem todos os desafios do NGS podem ser resolvidos com microplacas melhores, mas vamos ver quais podem, tendo em mente que as necessidades de um laboratório específico desempenham um papel importante nos recursos da microplaca que realmente importam.

Melhorando as peças

A miniaturização de reações em microplacas impulsiona a necessidade de automação para precisão e rendimento. Isso significa que “são necessárias microplacas especificamente projetadas e otimizadas para automação”, diz Shu.

A fabricação dessas microplacas requer decisões específicas de aplicação desde o início, tudo começando com o desenvolvimento de um molde para fabricar o plástico, que pode ser projetado para funcionar com um manipulador específico. Além disso, um fabricante considera o tipo de plástico utilizado e os tratamentos para a superfície. Em uma microplaca projetada para aplicações NGS, um fornecedor deve possuir dados que validem os resultados esperados.

A quantificação também desempenha um papel fundamental no NGS. “Ao sequenciar amostras usando uma placa de micropoços, você deseja um método de quantificação robusto, sensível e reprodutível”, diz Michael Bjerke, gerente de produto sênior de saúde celular da Promega. Os reagentes desempenham um papel importante na quantificação, assim como o leitor de microplacas. Assim, Bjerke incentiva os cientistas a “selecionarem um leitor de microplacas e reagentes com sucesso comprovado para aplicações NGS, com limites de detecção robustos e sensíveis e fáceis de usar”.

Ao selecionar um leitor de microplacas, vários recursos devem ser considerados, incluindo melhorias recentes. Alguns dos avanços mais interessantes na tecnologia de leitores de microplacas para aplicações NGS melhoram a experiência do usuário e o fluxo de trabalho. “Instrumentos que combinam coleta de dados com análise de dados tornam a experiência do usuário e o fluxo de trabalho perfeitos”, diz Bjerke. Como exemplo, os modelos NGS podem ser quantificados e analisados ​​automaticamente para o usuário, o que elimina a necessidade de entrada do usuário durante a análise de dados.

Como clientes, os cientistas podem buscar uma solução completa em microplacas para NGS, ou seja, placas feitas para uma plataforma específica que pode automatizar muitas etapas de NGS. Essa não será necessariamente a solução mais barata, mas pode ser a melhor para um laboratório que depende da execução do NGS com a maior taxa de transferência possível.